奈叶（田村香织配音）是一个小学三年级的普通女孩，但因为一次突发，她遇到了来自另一个世界的尤诺，成为了魔法少女，并裹挟了继承之战。在最后一次事件结束后，奈叶告别了与她结下深厚友谊的费特（水树奈奈配音），回归平静的日常生活，接受魔法训练以防备敌人下一轮的猛烈攻击。一天，海冥城的天空中出现了神秘的魔法结界，这一异常现象引起了奈叶的注意。果然不出所料，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美配音）的袭击。奈叶没有想到的是，维塔一下子就摧毁了奈叶坚固的防御。幸好菲特及时出现，奈叶幸免于难，维塔的出现意味着一场算计正在秘密展开。