资深特工伊森亨特（汤姆克鲁斯饰）也有一时的疏忽大意，考虑得十分周到。当他接到最新任务时，却被神秘组织“辛迪加”暗算，落入对方手中。这个由世界各地前特工组成的秘密组织“辛迪加”，此前一直被美国中央情报局（CIA）视为“倒戈”，消息和谣言的传播并非完全没有理由，也是借机传播。伊桑在一名成员伊萨福斯特（丽贝卡弗格森饰）的帮助下逃脱，并向威廉布莱德（杰瑞米雷纳饰）报告了辛迪加的存在。但此时，布拉德的日子并不好过。他负责的国际货币基金组织机构因俄罗斯核弹头等事件被美国中央情报局指控并勒令解散。当他得知该组织正在密谋暗杀奥地利总统时，伊桑联系了他的老搭档本吉邓恩（西蒙佩吉饰），并再次与神秘的伊萨见面。在接下来的一系列事件中，辛迪加的真面目逐渐被揭开，他们最终暴露了自己的真实目的。