十年前，在那场几乎毁灭世界的灾难中，卫宫士郎被魔法师卫宫切次所救，成为他的养子。十年后，四郎为了完成与已故养父成为正义伙伴的约定，每天都在不停地练习魔法。偶然的一天，四郎陷入了一场名为“圣杯战争”的魔法师之间的对抗中。规则是魔术师与灵魂订立誓约。所谓圣杯战争，胜利者可以得到圣杯来完成任何愿望。于是，七位魔法师和七位英雄加入了创造奇迹的战斗。卫宫士郎知道十年前的灾难是由圣杯战争引起的。为了避免悲剧再次发生，他和主人公萨巴尔投身于充满危险和艰辛的圣杯战争。