故事以《生化危机1》的最后一组场景作为开始：艾丽丝(米拉乔沃维奇饰)被强制休眠了很久，终于悠悠转醒，却发现自己最担心的事已然变成现实--嗜杀成性的活死人僵尸遍布Raccoon城。很快，艾丽丝神智到，在“保护伞”化学公司的秘密研究基地“沉睡”的这段时间里，她在无神智的情况下成为了科学家研究生物遗传学的实验品，这赋予她全新的力量和灵敏性，正是这些艾丽丝不甚熟悉的新技能保全了她的性命。